Pengertian dan definisi dari ekosistem air adalah ekosistem yang faktor lingkungannya eksternalnya yang didominasi oleh air sebagai habitat dari berbagai organisme air. Ekosistem air dapat dibedakan menjadi beberapa ekosistem yaitu :
  • Ekosistem Sungai (ekosistem air tawar)
Untuk dapat membedakan dengan ekosistem lainnya perlu diketahui Ciri-ciri ekosistem air tawar dan dapat dijelaskan sebagai berikut :
  1. Salinitas (kadar garam) rendah, lebih rendah jika dibandingkan dengan sitoplasma.
  2. Variasi suhu antara siang dan malam tidak terlalu besar.
  3. Penetrasi (masuknya) cahaya matahari terbatas/kurang.
  4. Ekosistem air tawar tetap dipengaruhin oleh iklim dan cuaca, meskipun pengaruh tersebut relatif kecil apabila dibandingkan dengan ekosistem darat.
             Berdasarkan gerak airnya ekosistem air tawar dapat dibedakan menjadi ekosistem lentik dan lotik. 
Ekosistem Lentik adalah ekosistem yang airnya tenang atau diam misalnya danau, telaga dan rawa. Ekosistem air tenang ini mencakup beberapa ekosistem antara lain danau dan juga rawa. Untuk danau sendiri kembali dibagi ke dalam 4 wilayah yakni :
  1. Wilayah Litoral : Titik ini adalah wilayah danau yang dangkal dimana cahaya menembus kedalaman air secara optimal. Suhu airnya lumayan hangat sebab berdekatan dengan tepi danau pada wilayah ini diketemukan tumbuhan air dengan akar dimana bagian daunnya mencuat ke permukaan air.
  2. Wilayah Limnetik : Adalah wilayah danau yang agak jauh dari tepi danau namun airnya masih bisa ditembus oleh cahaya matahari wilayah danau yang satu ini banyak dihuni oleh fitoplankton juga ganggang dan cynobakteri.
  3. Wilayah Profundal : Merupakan wilayah danau dengan tingkat kedalaman yang tinggi dan biasa disebut wilayah afotik wilayah ini banyak dihuni cacing juga beragam jenis mikroba.
  4. Wilayah bentik. Daerah ini berada di titik paling dasar dari danau dan di tempat ini terdapat beragam bentos juga sisaorganisme-organisme yang telah mati.
Ekosistem Lotik adalah ekosistem yang airnya bergerak mengalir misalnya selokan, parit atau sungai. Ciri-ciri ekosistem lotik adalah airnya mengalir dan merupakan ekosistem terbuka dari kadar oksigen terlarut relatif tinggi. Aliran air dalam ekosistem lotik merupakan faktor pembatas bagi organisme yang ada di dalamnya artinya organisme yang tidak dapat melakukan adaptasi terhadap adanya aliran air akan tersingkir. Aliran ini juga dapat menjadi penentu jenis dan komposisi komponen biotik dalam ekosistem. Aliran air tergantung pada topografi besarnya sungai dan debit air yang mengalir misalnya jenis organisme di pinggir sungai berbeda dengan jenis organisme di dalam atau di dasar sungai. Ekosistem lotik tidak tetap melainkan berubah tergantung pada musim air sungai keruh dan banjir di musim hujan sedangkan di musim kemarau airnya kecil dan bahkan mengering. Keadaan ini merupakan suatu indikator adanya kerusakan ekosistem darat didaerah sungai. Sebagai suatu ekosistem terbuka ekosistem lotik memperoleh kiriman ebahan organik yang terbawa aliran air dari daerah hulu atau daratan misalnya berupa bangkai, sampah atau daun-daun yang gugur ke sungai. Meskipun dari ekosistem lotik itu sendiri hewan-hewan dapat memperoleh makanan beberapa hewan sungai ada yang memakan bahan organik yang terbawa aliran air. Jadi ekosistem lotik mendapat pengaruh yang besar dari ekosistem daratan.
Sebagai ekosistem yang aliran air memudahkan terjadinya persentuhan antara permukaan air yang luas dengan udara. Apalagi jika disepanjang ekosistem lotik terdapat jeram, riak-riak kecil dan air terjun. Keadaan yang demikian menyebabkan kadar oksigen terlarut relatif tinggi. Tingginya kadar oksigen memberikan kondisi pada hewan-hewan sungai untuk hidup dilingkungan yang cukup oksigen sehingga mereka menjadi peka terhadap kekurangan oksigen. Adanya bahan pencemar yang dapat mereduksi (mengurangi) oksigen terlarut dapat menimbulkan bencana bagi hewan air itu.
  • Ekosistem Laut
             Indonesia merupakan negara kepulauan mempunyai lebih dari 17.000 pulau yang dikelilingi oleh lautan. Ekosistem laut Indonesia sangat menentukan iklim (suhu, kelembapan, angin) flora dan fauna serta kehidupan penduduk. Luas perairan laut di daerah pesisir dapat dilihat di bawah ini :
Laut :
  1. Perairan teritorial (sampai batas 12 mil laut): 5,1 x 106 km2
  2. Paparan benua (sampai kedalaman 200 m): 3,0 x 106 km2
  3. Ekonomi ekslusif 200 mil : 2,7x 106 km2
Wilayah Pesisir :
  1. Panjang pantai : 81 x 1012 km²
  2. Hutan payau : 10 x 106 km²
  3. Hutan bakau : 3,6 x 106 km²
  4. Tambak : 183 x 1012 km²
Ekosistem Laut memiliki sifat khas yang tidak dimiliki oleh ekosistem lainnya sifat-sifat itu antara lain sebagai berikut :
  1. Berkadar garam sekitar 0,3% yang mirip dengan kepekatan protoplasma.
  2. Terdapat kehidupan disemua kedalaman, kecuali di dasar laut yang sangat dalam.
  3. Ekosistem laut saling bersambungan, dan memiliki kemungkinan untuk bercampur karena adanya sirkulasi air laut.
  4. Rantai makanan relatif panjang dengan kata lain, disepanjang rantai makanan terjadi pemboroson energi.
Lautan Indonesia merupakan lautan tropik dengan suhu di lapisan permukaan yang relatif tinggi yaitu 26-30°C sementara di lapisan lebih dalam suhunya lebih rendah cahaya matahari menciptakan stratifikasi termal secara vertikal. Maksudnya suhu air laut dipermukaan relatif tinggi dan semakin kedalam suhunya semakin rendah karena daerah permukaan air laut cukup menerima cahaya matahari sepanjang tahun maka produktifitas produser (fitoplankton) cukup tinggi. Curah hujan di Indonesia cukup tinggi yang mengakibatkan lapisan pemukaan laut memiliki kadar garam rendah berkisar antara 27-33 %°C sedangkan di bagian lebih dalam kadar garamnya lebih tinggi. Ekosistem laut lebih stabil terhadap pengaruh musim dibandingkan ekosistem darat. Seperti halnya hutan tropik, lautan tropik, memiliki keanekaragaman yang tinggi namun besarnya populasi masing-masing spesies rendah. Oleh karena itu bentuk rantai makanan di perairan Indonesia menjadi kompleks hal ini berbeda dengan lautan subtropik yang memiliki keanakaragaman rendah tetapi jumlah populasi spesiesnya tinggi. Di daerah pantai di Indonesia berkembang komunitas hayati yang khas misalnya terumbu karang, hutan payau (mangrove) dan rumput laut.
Di dalam ekosistem laut terdapat stratifikasi kedalaman akibat intensitas cahaya, suhu, kandungan mineral yang pada akhirnya menentukan keanekaragaman hayati yang ada didalamnya. Seolah-olah terdapat dua lapisan yang terpisah yaitu lapisan atas dan lapisan bawah. Berdasarkan intensitas cahaya matahari yang dapat mencapainya ekosistem laut dibedakan menjadi ekosistem laut dalam dan ekosistem laut dangkal. Indonesia sebagai negara kepulauan mempunyai laut yang luas dengan potensi sumberdaya alam yang besar di dalamnya. Ekosistem Laut merupakan ekosistem yang letaknya di laut maupun pesisir pantai. Ekosistem laut dibedakan menjadi ekosistem laut dalam dan ekosistem laut dangkal.
  • Ekosistem Laut Dalam 
Bila kita melihat laut yang warnanya biru tua tentu kita mengetahuinya sebagai laut yang sangat dalam. Laut yang dalam sangat gelap tidak ada cahaya matahari, cahaya matahari hanya dapat menembus air laut hingga kedalaman 20-30 m. Lebih dalam dari itu cahaya matahari tidak dapat menembusnyadan di laut dalam cahaya matahari tidak dapat menembus atau tidak sampai ke dasar laut, daerah ini disebut daerah afotik. Ini berarti bahwa di laut tidak terjadi fotosintesis kadar oksigennya juga rendah didaerah demikian itu tidak terdapat produser yang fotoautotrof. Yang terdapat hanyalah organisme heterotrof yang mengandalkan jatuhnya sisa-sisa organik dari lapisan diatasnya jadi di laut dalam terdapat detritivor dan scavanger. Keanekaragaman hayatinya rendah jika tidak ada arus laut yang “mengaduk” daur mater di dalam laut dalam merupakan daur yang terputus. Semua makanan yang masuk ke laut dalam akhirnya diurai dan diendapkan di dasar laut jadi dilaut dalam terdapat zat-zat organik yang lebih kaya dibandingkan dengan di laut dangkal.
  • Ekosistem Laut Dangkal
Sedangkan di pesisir pantai kita dapat menikmati keindahan alam yang ada serta dapat berrekreasi dengan wisata pantai seperti berenang, berperahu, memancing dan aktivitas lainnya. Daerah ini merupakan daerah laut yang dangkal banyak aktivitas di dalamnya. Laut dangkal merupakan daerah fotik yang berarti daerah yang dapat dicapai oleh cahaya matahari. Di daerah ini berlangsung proses fotosintesis dan produser yang berperan adalah fitoplankton dan gangang laut mikroskopis. Kadar oksigen di daerah ini lebih tinggi dari pada di daerah afotik di laut dalam oleh sebab itu daerah yang demikian memiliki keanekaragaman hayati tinggi. Contoh ekosistem laut dangkal adalah ekosistem terumbu karang, ekosistem pantai batu dan ekosistem pantai lumpur.
a) Ekosistem Terumbu Karang
Di dalam ekosistem ini banyak ditemukan cangkang coelenterata yang telah mati yang menyusun batu karang. Cangkang yang mati beserta hewan-hewan air selurunya disebut sebagai terumbu karang. Syarat hidup binatang karang adalah air lautnya jernih, arus dan gelombang kecil, serta lautnya dangkal. Didalamnya hidup berbagai macam biota laut seperti coelenterata, cacing, Mollusca (siput, kerang), Enchinodemata, Athropoda dan berbagai jenis ikan berwarna-warni. Bianatang-binatang tersebut memiliki nilai ekonomi yang tinggi.
Indonesia memiliki beberapa ekosistem terumbu karang yang indah yang dijadikan objek wisata misalnya di pasir putih Jawa Timur, Bali, Bunaken dan Maluku. Pengambilan karang dan binatang-binatang dari ekosistem ini dapat merusak ekosistem dan pada akhirnya akan menyebabkan punahnya keanekaragaman hayati di dalamnya. Demikian pula penangkapan ikan menggunakan aliran listrik atau racun (tuba/putas) dapat merusakan ekosistem terumbu karang. Ekosistem terumbu karang terbentuk dalam waktu yang lama apbila punah kita tidak akan dapat memunculkannya kembali oleh karena itu kita perlu menjaga kelestariannya.
b). Ekosistem Pantai Batu
Pantai terjal yang berdinding batu memiliki bongkahan-bongkahan batu yang membentuk ekosistem pantai batu. Pada ekosistem ini lingkungan eksternalnya didominasi oleh batu, kerikil, atau kapur. Misalnya ekosistem pantai batu yang terdapat di pantai selatan jawa, Bali, Nusa Tenggara, Maluku dan pantai barat Sumatra. Vegetasinya didomunasi oleh ganggang misalnya Sargassum dan Eucheuma yang tingkat keanekaragamannya rendah.
c) Ekosistem Pantai Lumpur
Di dekat muara sungai banyak terdapat endapan lumpur yang menyusun ekosistem pantai lumpur. Ekosistem pantai lumpur banyak di jumpai di pantai utara Jawa, Kalimantan dan Irian Jaya. Vegetasinya didominasi oleh tumbuhan mangrove dan rumput laut. Ekosistem ini juga merupakan ekosistem yang memiliki keanekaragaman hayati tinggi didalamnya hidup antara lain kepiting, udang, dan ikan glodok.